Windows8.1アップグレード後にファイルやフォルダの操作がおかしい・右クリック時の動作がおかいい場合の対処（限定的なものです）

上記について

1）自分のところではブラザー社のプリンタユーティリテーの残滓
2）サードパーティーのWindows高速化ソフト

などが影響していた事例があります。

いろいろな不具合と同様、Windows8から8.1へののアップグレードを全部入りのまま行った方は、あらためてソフトウエアやドライバの上書きインストールで改善することも多いようです。

また、アップグレード後に動かなくなったり、スタートメニューからも消えてしまったソフトなどの一部が動作していることで不具合が発生する事例もあります。以下の記事で紹介しているソフトで確認してみてくださいね。

Windows起動時の自動実行プログラムを詳細に調査/制御するには？
http://d.hatena.ne.jp/jyamira1/20131127/1385558229

Windows起動時の自動実行プログラムを詳細に調査/制御するには？(その2）
http://d.hatena.ne.jp/jyamira1/20131128/1385591074

2014/8/6追記：少し書き方が不親切でしたので追記します。

問題が発生し易い動作（原因）
・右クリックメニューに動作が追加される（含むIEアドオン）ようなソフトであること
例：ブラザー社のプリンタユーティリテーが原因でファイルやフォルダの右クリックメニューの一部がグレーアウト・IMEを無印に変更しないとOfficeが起動しないなど

・レジストリを操作したり、サービスの開始遅延などが、Windows8.1へのアップデートで無効（というか操作前／Windowsの標準状態）に無理やり戻されるのか、サードパーティーのWindows高速化ソフトの動作とぶつかり、なおかつソフトが正常に動作しなくなるため不具合が発生する。

・ドライバやソフトウエアの動作が阻害される
例：OneDrive(旧SkyDrive)などで同期が終了しない不具合が発生する。ソフトが開けない、一瞬ウインドが開くがすぐに閉じてしまう。

当該ドライバ・ソフトをいったんアンインストール後にインストール.exeを管理者として実行して再インストールする。

これは、ソフトウエアに付与された権限が下がる署名が無効になるなどが発生し、Windowsによって動作がブロックされる状態になってしまったのを解消する手順となっているのではないかと思います。