Windows8と他のOSで共用している外付けHDDでファイルが消える現象
こちらは未確定情報です。また、この方の環境依存という可能性もあります。
2015/3/14追記： 【不具合】Windows8/8.1でファイルなどが消失する件と高速スタートアップを無効に設定【発生する場合あり】を必ずお読みください。
Windows8：XP、Vista、７でも使用している外付けHDD（USB接続）にエラーが発生する
http://answers.microsoft.com/ja-jp/windows/forum/windows_8-files/windows8xpvista%EF%BC%97%E3%81%A7%E3%82%82/3fc44ba8-848a-4efe-a7ba-e60161149423?page=1
要点：
Q:XP時代から使用している外付けHDD（2TB、USB2.0接続、NTFS）があるのですが、Windows8でこの外付けHDDを使用すると、この外付けHDD内のファイルが突然消えたり、ファイルにエラーが発生したりします。
A:高速スタートアップを無効にする。
推定される原因は
高速スタートアップ機能が有効になっているときは、シャットダウン時のファイル構成情報をバックアップし、次の起動時には「リアルタイムのファイル構成情報」ではなく、「前回シャットダウン時にバックアップしておいたファイル構成情報」を使って、言わば「見切り発車」でシステムを立ち上げると。（だから速く起動できる）
マイクロソフト・アンサーズで上記のような質問と解決がありました。
さらに、実は自分もWindows8環境で以下のようなことが過去に発生しています。
すでに消去してしまった環境ですがセキュアブート用のチップが搭載されていない環境でセキュアブートを使用していた時に、外付けHDDがフォーマットされていないというエラーが頻発しました。自分の場合Windows8対応の外付けHDDではなかったことが問題であったのかもしれませんし、実際の原因はわかりませんが上記の不具合が発生しました。
この際、OS起動後に接続→OS終了前に取り外しというパターンですと不具合が発生しませんでした。起動時または終了時に問題が発生しているのではないかと、終了前に機器の取り外しから取り外せる状態にした後で接続したまま終了した場合（要するに書き込みキャッシュなどがない状態にして）は変わらずという結果でした。
次にBIOSの起動項目を見てWindows8用のBIOSにして変わった項目を切っていきました。高速スタートアップOFFは変わらず、セキュアブートの項目を切ったところエラーが出なくなりました。
Windows8と他OSのPC間をまたいで使用している外付けHDDがある方は注意した方がいいかもしれません。また、この推定が正しいとすると「予期せぬ電源断」の場合なども最悪保存済みの新規ファイルが消えてしまう可能性がありそうです…。
8/31追記：どうやら定期的にバックアップされているみたいで、予期せぬ電源断では通常の障害以外は発生する可能性は少ないようです。また、今日明日に自分のところでも外付けHDDとUSBメモリ（USB3.0/32GB)で試してみたいと思います。
9/1追記
9/1に検証?の記事があります。そちらもご覧の上、可能な方は検証の上検証結果をお知らせいただけると助かります。MS Wikiの執筆者でもありますので、多くの環境で発生するようでしたら、Wiki記事にすることとMSに対処をお願いしたいと思います。
